Kiedy VAT można odliczyć przed numerem KSeF – wyjątki od reguły
Zasada powszechności fakturowania ustrukturyzowanego, wprowadzona nowelizacją z dnia 5 sierpnia 2025 r. o zmianie ustawy o podatku od towarów i usług oraz niektórych innych ustaw (Dz. U. poz. 1203), przewiduje konkretne sytuacje, w których dokumentacja krąży poza systemem teleinformatycznym. Zgodnie z art. 106ga ust. 2 ustawy o VAT, istnieją sytuacje wyłączające obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych, co bezpośrednio wpływa na brak numeru KSeF w momencie otrzymania dokumentu przez nabywcę. Katalog ten obejmuje m.in. faktury dokumentujące czynności, dla których miejscem opodatkowania jest terytorium państwa trzeciego lub innego państwa członkowskiego UE, a także transakcje, w których nabywcą jest osoba fizyczna nieprowadząca działalności gospodarczej (faktury B2C), o ile nabywca nie podał numeru NIP.
Kluczowym elementem systemu jest procedura awaryjna oraz okresy przejściowe przewidziane dla mniejszych podmiotów gospodarczych. Mikrofirmy, których obroty miesięczne nie przekraczają 10 000 zł brutto, do końca 2026 r. zachowują prawo do wystawiania faktur w dotychczasowej postaci (papierowej lub PDF). Ponadto, na podstawie art. 106nh ustawy o VAT, w przypadku awarii Krajowego Systemu e-Faktur, sprzedawca wystawia fakturę w trybie offline zgodnie ze wzorem FA(2), a dokument taki jest w pełni skuteczny prawnie przed jego późniejszą archiwizacją w systemie centralnym. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z dnia 12 sierpnia 2025 r. (0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG) potwierdził, że podatnik ma prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktury wystawionej w trybie awaryjnym przed nadaniem jej numeru systemowego.
W procesie nabycia towarów lub usług nabywca nie weryfikuje merytorycznych przesłanek, które skłoniły sprzedawcę do wystawienia faktury poza systemem. Obowiązek prawidłowego wystawienia dokumentu spoczywa wyłącznie na dostawcy, natomiast nabywca zachowuje prawo do odliczenia VAT, o ile transakcja odzwierciedla rzeczywiste zdarzenie gospodarcze pod względem podmiotowym i przedmiotowym. Nabywca zachowuje prawo do pomniejszenia podatku należnego, jeżeli faktura spełnia wymogi formalne określone w art. 106e ustawy o VAT, nawet jeśli sprzedawca naruszył obowiązek fakturowania ustrukturyzowanego. Ryzyko sankcyjne w postaci kar pieniężnych za brak wystawienia faktury w KSeF dotyczy bowiem wyłącznie strony zbywającej.
Ryzyka i konsekwencje odliczenia VAT „z wyprzedzeniem”
Powszechnym mitem funkcjonującym w obrocie gospodarczym jest założenie, że każda prawdziwa faktura gwarantuje bezpieczeństwo podatkowe bez względu na jej formę techniczną. Należy jednak zauważyć, że choć art. 88 ustawy o VAT zawiera zamknięty katalog negatywny uniemożliwiający odliczenie, w którym brak numeru KSeF nie występuje, to organy skarbowe dysponują narzędziami prewencyjnymi. Na podstawie art. 87 ust. 6 ustawy o VAT, Naczelnik Urzędu Skarbowego może przedłużyć termin zwrotu nadwyżki podatku naliczonego do czasu zakończenia weryfikacji autentyczności dokumentów. W 2025 r. według szacunków Krajowej Administracji Skarbowej, około 12% wstrzymanych zwrotów dotyczyło właśnie faktur, które w momencie składania deklaracji nie figurowały w systemie centralnym, co wymuszało manualną weryfikację u kontrahenta.
Wzmożona czujność fiskusa objawia się szczególnie w sytuacjach, gdy struktura JPK_V7 nie zawiera kompletu danych identyfikacyjnych dla transakcji o wysokiej wartości. Organ podatkowy może poddać analizie czynności, w których występuje duplikacja faktur (wersja PDF oraz późniejsza wersja ustrukturyzowana o innej dacie) lub brak oznaczenia KSeF u stałego kontrahenta, który przekroczył próg wartości sprzedaży 200 mln zł w 2024 r. Szczególnie ryzykowne są transakcje realizowane tuż przed 1 lutego 2026 r., gdzie różnica między datą wystawienia a datą otrzymania dokumentu może determinować okres rozliczeniowy, w którym powstaje prawo do odliczenia.
- Wykrycie duplikatu faktury w systemie podczas analizy krzyżowej.
- Brak numeru identyfikacyjnego KSeF przy jednoczesnym braku oznaczenia procedury awaryjnej (OFF).
- Niespójność daty otrzymania faktury z datą jej udostępnienia w systemie centralnym.
- Dokonywanie transakcji z podmiotami, które figurują w bazie jako zobowiązane do KSeF, a wystawiają dokumenty tradycyjne.
Prawo do odliczenia podatku naliczonego nie jest prawem samoistnym, lecz jest to prawo warunkowe, tzn. nie wynika ono z samego faktu posiadania faktury, lecz z faktu rzeczywistego przeprowadzenia transakcji skutkującej nabyciem towaru lub usługi przez podmiot widniejący na fakturze jako nabywca.
Jak bezpiecznie odliczyć VAT, gdy faktura trafia do KSeF z opóźnieniem
Prawidłowa ewidencja faktury otrzymanej poza systemem KSeF wymaga ścisłego przestrzegania zasad dotyczących momentu powstania prawa do odliczenia. Zgodnie ze stanowiskiem Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej wyrażonym w interpretacji z dnia 13 stycznia 2026 r. (0114-KDIP1-3.4012.804.2025.1.JG), datą powstania prawa do odliczenia VAT z faktury wystawionej poza KSeF jest data jej faktycznego otrzymania przez nabywcę. Podatnik powinien ująć taki dokument w rejestrze zakupów oraz pliku JPK_V7 z datą odbioru pliku PDF lub dokumentu papierowego. W polu przeznaczonym na numer dowodu zakupu należy wpisać numer faktury nadany przez sprzedawcę, zachowując jednocześnie dowód wpłynięcia dokumentu do firmy, np. logi z serwera pocztowego lub pieczęć wpływu.
W sytuacji, gdy sprzedawca z opóźnieniem prześle fakturę do Krajowego Systemu e-Faktur i zostanie jej nadany numer identyfikacyjny po złożeniu przez nabywcę pierwotnej deklaracji, nie zachodzi konieczność dokonywania korekty JPK_V7 w zakresie kwot podatku. Uznaje się, że faktura spełniała wymogi art. 106e ustawy o VAT w momencie ujęcia w ewidencji. Dobrą praktyką jest jednak uzupełnienie pola „NrKSeF” w ewidencji VAT w systemie księgowym, co ułatwia późniejsze raportowanie i uzgadnianie sald. Przykładowo, w zaawansowanych systemach ERP proces ten odbywa się poprzez funkcję importu danych z KSeF i automatyczne parowanie dokumentów oznaczonych wcześniej jako „wersje robocze” lub „faktury zewnętrzne”.
Należy pamiętać, że faktura ustrukturyzowana jest uznana za wystawioną w dniu jej przesłania do systemu, a za otrzymaną w dniu przydzielenia jej numeru KSeF. Jeżeli jednak dokument dotarł do nabywcy wcześniej inną drogą (np. w trybie awaryjnym), to właśnie ten wcześniejszy moment decyduje o prawie do odliczenia, pod warunkiem, że faktura zawiera wszystkie obligatoryjne elementy. Warto ustalić wewnętrzny deadline, zgodnie z którym kompletność numerów KSeF dla faktur zakupowych jest weryfikowana przed upływem 25. dnia miesiąca następnego, aby zminimalizować ryzyko wezwań do wyjaśnień ze strony organów kontrolnych.
